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除了超临界二氧化碳以外，水也可以作为有毒有机溶剂的替代品，因为水的溶解能力可以通过改变温度来改变。通过增加压力，水可以在高于其正常沸腾温度（100℃）时保持液态。高于正常沸点但低于超临界温度（374℃）的水就是“亚临界”水。
Helix型号的超临界萃取系统可通过增加以下模块用于亚临界水萃取：
- 一个单独的液体泵，将水泵入萃取釜
- 一个单独的收集/冷凝系统，用于安全冷凝“过热蒸汽”，并收集所需的萃取物
- ASI公司的标准萃取釜用于亚临界水萃取可以达到240℃ ，可以选配最高温度为300℃的萃取釜
